Как вы считаете есть вероятность что меня впустят Эстонцы с шенгенской визой но со свидетельством о замужестве с гражданином Германии ( свидетельство выдано в ЕС) Визу по воссоединению семьи ещё не успела получить.

Вас пустят по такой визе только в сопровождении мужа.

Есть возможность проехать без наличия визы, но, как я знаю, если ваш супруг будет с вами. На границе вам должны вклеить наклейку (если они есть в наличии) или выдать бумагу. Есть директива ЕС позволяющая супругам граждан ЕС такие фокусы. Но так же есть и власть пограничника. Больше информации вы сможете получить конкретно обратившись на предполагаемое к пересечению КПП по телефону/эл почте Свидетельство подойдет либо выданное в ЕС, либо РФ с заверенным переводом.