Подскажите, как лучше вылететь из России в Израиль? По паспорту России или Израиля?

Вылетать из России обязаны по паспорту РФ, а въезжать в Израиль по паспорту Израиля уже.

Валерия, лучше не бывает, бывает должно. Вылетают и влетают в страну по паспорту страны (нет признания двойного гражданства). То есть из России и в Россию Вы вылетаете/влетаете по паспорту России.

Вылетаете строго по рос занранпаспорту, в Израиле предъявляете израильский, обратно также, выезжаете по израильскому, въезжаете в РФ по российскому. Авиакомпания ответственна за легитимность въезда в пункт назначения, поэтому на борту можно предъявлять израильский паспорт.