Может кто-то из граждан РФ получал визу D и разрешение на работу, находясь ни в Хорватии, ни в России. Буду признателен за опыт.

Процесс получения разрешения на работу проходит в Хорватии, не важно при этом, где вы находитесь, если вы собрали все необходимые документы и ваш работодатель их подал на рассмотрение. Въездную визу на основании полученного разрешения можно запросить в консульстве Хорватии в стране текущего резидентства (не обязательно гражданства), документы и правила подачи уточняются тоже у них. Если резидентства нет, то уточните, примут ли у вас вообще документы в консульстве Хорватии в выбранной стране. Как правило, у всех представительств есть имейл и телефон, можно с ними связаться и выяснить все вопросы, если нет сайта.