Может кто объяснить каким образом у флайдубая может быть платная регистрация и как ее оплатить в случае чего, если только рос карты есть.

Вы путаете платный выбор мест с регистрацией. Для прохождения регистрации без выбора мест или с выбором мест, в зависимости от вашего тарифа, вам достаточно иметь только номер брони.