Мы купили билет из Еревана в Ларнаку на российский паспорт, и + у пассажира есть кипрский паспорт и он может въехать в страну по нему по прибытию.

Я так понимаю, что аккаунт в Wizzair на другое имя , правильно? Не будет, просто заплатите 60 евро как за неправильную онлайн регистрацию. А вообще, можете не проходить онлайн регистрацию, а платную регистрацию в аэропорту, но в этом случае, 60 евро умножайте на количество пассажиров в заявке на бронирование.