месяц назад заполняла профиль и выдало, что он ineligible. Мне сейчас отмечать, что я подавалась ранее или нет?

Если ранее были тур студ визы, то отвечать да.

Если заполнение — это всё что вы делали, то нет. Application — это официальная подача на визы, пермиты, PR и т. п. С рассмотрением и вынесением решения. У application должен быть номер (код), а также статус или результат.