Если есть два заграна, один новый пустой и второй старый со всей трэвел историей с 2012 года, то нужно ли их оба загружать?(Нужны ли потом будут доказательства travel history в виде виз и штампов?)

Доказательства не нужны, можно грузить один паспорт.

Не нужно. Вы загружаете тот паспорт, в который будете ставить визу. Доказать тревел хистори штампами невозможно в общем случае, поэтому такого требования к аппликантам нет.