Подскажите, если я работаю в удаленно на компанию, которая находится в другой стране, при заполнении EE мне нужно указать город откуда работаю, или город, где базируется компания?

Скорее всего город, в котором вы находитесь. Вы этот опыт будете подтверждать референсом/иными документами? Тогда важно, чтобы там компания чётко прописала, что вы на удалёнке работали и всё.

Пишите город, где находитесь, иначе у вас запросят справку о несудимости из той страны, на компанию из которой работаете. Либо в референсе пусть укажут, что работа была удаленная, либо вы предварите референс LoE, в котором укажете, что работаете на компанию удаленно. Под "предварите LoE" я имею ввиду, оформите пдф из двух листов, на первом листе будет LoE с обращением на этот факт - почему компания находится в одном месте, а в анкете указано другое, а на втором - уже непосредственно референс.