Скажите, как лучше брать билеты из Джакарты до Денпасар? Из самой Джакарты в аэропорту или онлайн?

И так и так можно.

Если российские карты, то на авиасейлс. Или иностранные. в аэропорту тоже можно, но может быть дороже или не быть мест.