Подскажите пожалуйста можно ли будет прилетать в Литву из других стран Шенгена россиянину ?

Возможно будет ограничение только с целью выезда в РФ. Но это всё в теории, ждём документа.

Можно, внутри шенгенской зоны нет границ, у вас не будет никакого контроля.