С женой получаем льготы как олимы. Подскажите, не отменятся ли квартирные выплаты, если мы с женой забронируем отель/квартиру по букингу/аирбнаб в Израиле? Если у нас арендована Квартира на долгий срок со льготной арноной?

Нет. Квартирные - это подарок, где бы вы ни жили (аренда, отель, родня), они будут поступать.

Нет, "квартирные" выплачиваются безусловно. Главное - жить в стране. Скидка на арнону, соответственно, будет, только если вы платите арнону.