Подскажите, пожалуйста, если лететь из Ларнаки через Ереван в Москву, и купить в дьюти фри Ларнаки алкоголь, его нужно будет пихать в багаж в Ереване? Аэрофлот же его уже не пропустит как ручную кладь?

Конечно не пропустят. Это ведь рейс не стыковочный одной компании, а с выходом (т. е. Вы получите багаж при посадке в Ереване и затем пойдёте на регистрацию на Аэрофлот)

А там по стандартным правилам пойдёте на досмотр и посадку.

Если пересадка не более 24 часов, то пропустят. В дьютике говорите, что летите транзитом, Вам запечатывают в специальный пакет, кладут чек на видное место.