Как происходит процесс перелета из Италии в РФ с наличием пермессо и загран паспорта?

Так вообще не проблема. Паспорт и пермессо показать на паспортном контроле. И туда и обратно.

Да, как обычно, в общем-то, все проходит. За исключением того, что прямых рейсов нет, а потому выходит либо дорого, либо долго, если через наземные границы (которые теперь закрываются, поэтому в Россию через них, по всей видимости, выехать можно будет, а вот въехать из России на территорию ЕС обратно - тут уже как сложится, хотя с внж, вроде бы, не должно быть и сейчас ограничений). Но я самолетом через Баку летала, поэтому личного опыта с наземными у меня нет. А так, да, показываете паспорт и пермессо, отвечаете на стандартные вопросы, если зададут (куда и зачем летите, сколько денег с собой и тп), и все.