Подскажите, при внутренних переплётах (Манила-Себу) нужны ПЦР или какие-то другие тесты?

Не нужны.

У нас недавно при автобусном (!) путешествии Манила - Багио очень долго осматривали вакцину, но наверное потому что первый раз видели спутник и сертификат гос услуг. Но к счастью по куар коду не переходили, а вакцина у нас была просроченная, мы просто визуально даты поправили.