если въехать в Литву 18 сентября и остановиться в Вильнюсе на 3 дня в гостинице , тк вылет 21 числа , не будет проблем с въездом и нахождением внутри страны? Или находиться тоже уже будет запрещено после 19?)

Мы точно так же планировали уехать и самолёт должен был быть 20 , но решили через Хельсинки от греха подальше.

Судя по заявлению можно будет.

Да не запрещено будет находиться. Запрещено будет пересекать границу (внешнюю ЕС) с туристическим шенгеном.