А во время транзита в Дубае, если не выходить из аэропорта и если покупал билеты одной бронью, будет ли какая то очередная регистрация/таможня/проверка вещей? Что вообще делать после выхода из самолета?

Багаж отдельно едет.

Будет проверка ручной клади на ленте при проходе в зону дюти фри.

Нужно переехать на автобусе с терминала в ваш терминал.

И придется заново проходить все?

Нет. Билеты только при выходе на самолёт покажите и все.