Можно ли подаваться на несколько программ канады, допустим Self-employed, EE, и на SP ?

По разным иммиграционным программам одновременно подаваться можно. SP - это не иммиграционная программа, это разрешение на учебу. Запрета подаваться на SP, имея иммиграционные намерения, нет, но в мотивационном письме вам придется хорошенько обосновать, почему вы подаетесь на SP, имея профиль ЕЕ. То есть в вашей истории должна быть непротиворечивость