Если остаться транзитом в Сербии около 2.5суток, нужна ли какая нибудб регистрация ? Отель эту регистрацию делает автоматически и самостоятельно?

Регистрация нужна всегда, но ответственность за ее отсутствие наступает после 24 часов. В отеле этот момент лучше уточнять, по идее они обязаны сделать, но человеческий фактор никто не отменял.