Подскажите пожалуйста, при заполнении приложения PeduliLindungi надо вводить номер российского паспорта, как указано в сертификате вакцинации или заграна, по которому влетаешь в страну?

Загран. Он же должен быть и в сертификате.

Заполните данные своего заграна на госуслугах у себя в приложении и обновите. Сертификат потом распечатайте на английском.

Вы же полетите по загранпаспорту из страны.