Если я планирую лететь в начале октября в Молдову, через Ереван и меня действующий загранпаспорт Молдовы и внутренний РФ (

Вы должны выезжать из России и заезжать в неё только по документам рф. Выезжаете в Ереван по внутреннему паспорту России. Печать не ставят, вопросов не будет никаких. Желательно, чтобы билет до Еревана был оформлен на рос паспорт, если билеты разные. В кишиневе по прилёту показываете молдавский загран. У самой такая же ситуация.