если вылететь с тур. части Кипра в Турцию и при влете поставят штамп в паспорт, будут ли проблемы при возвращении в южную часть? паспорт рф.

Нельзя вылетать и влетать через аэропорты оккупированных территорий. С точки зрения Республики Кипр это нарушение миграционного законодательства со всеми вытекающими последствиями, независимо от штампа в паспорте.