Подскажите пожалуйста, если у меня был отказ в ВНЖ в европейской стране, я подал апелляцию, и апелляция отменила начальное решение и выдала ВНЖ, нужно ли указывать при иммиграции в Канаду, что был отказ и добавить LoE?

Нужно указать все отказы и все причины. Это все технические детали, ничего страшного в этом нет. Если хотите, в поле, где объясняют причины, можно добавить, что после аппеляции виза была выдана, мы, например, так и писали. Типа "Причиной отказа было то-то и то-то, после подачи исправленного пакета документов виза была одобрена". Ну в вашем случае "после аппеляции... ".