Как правильно в моем случае заполнить опыт работы в Express Entry.

1. Указываете, в какой стране находились, когда работали на эту компанию. Потом в LoE можно будет дописать, что работали удаленно, что сама компания находится в ЮК и т. п. 2. Кто вам будет референс выдавать? Компания, на которую вы работали, или агентство? По факту, конечно, стоит указывать именно компанию, на которую вы работали, т. к. агентство - грубо говоря, было просто "прокладкой" между вами и вашим работодателем. Об этом, по желанию, можно будет тоже написать в LoE. Вообще, не стесняйтесь все объяснять в LoE, офицеры все объяснения понимают.