Школа в Дубаи просит заверить документы в Министерстве образования и в посольстве ОАЭ. Есть ли в Москве фирмы, которые заверяют в Министерстве Образования? Я только знаю тех, кто делает легализацию и там только Минюст, МИД и посольство.

Заверению подлежит конкретный документ, в вашем случае это возможно аттестат, и для его легализации для ОАЭ печать министерства образования не нужна, а нужна стандартная процедура легализации. А если они просят хоть какую-то печать от министерства образования (такое тоже бывает), то это уже на ваше усмотрение.