Подскажите пожалуйста, если подавались по провинциальной программе не через ЕЕ, и уже получили визы, можно ли ехать в др. провинцию без заезда от которой номинировались?

Лучше не стоит, могут быть проблемы... т. к. вы подаетесь через конкретную программу.

Если вы просто получили визы, то вы не залендились еще. Если офицер при лендинге заподозрит, что вы планируете не доехать до номинировавшей вас провинции, вам просто не дадут ПР.