Подскажите, пожалуйста, как правильное считать 90 дней отсутствия на Кипре? Имеется в виду именно календарный год? то есть считаем именно с 1 января?

Отсутствие в течении не более 90 дней это 90 дней в подряд, год тут не причем.

Полугодие (в течение которых можно находиться на Кипре 90 дней) отсчитываются с первого въезда на Кипр. В зависимости от того, когда заканчивается текущее полугодие, можно рассчитать, сколько ещё дней в полугодии вы можете пребывать на Кипре. Например: Вы въехали на Кипр 07.10.21 То расчет ваших полугодий на ближайшие 2 года: 1 полугодие: 07/10/2021 04/04/2022 2 полугодие: 05/04/2022 01/10/2022 3 полугодие: 02/10/2022 30/03/2023.