если из мск эмирейтс через дубай транзит 4 часа - багаж нужно забирать или он автоматически перекидывается на стыковочный ?

Нет, но на стойке вылета убедитесь, что он до Мале (обычно всегда так)

Одним билетом и одна авиакомпания, конечно автоматически) В Москве багаж зарегистрируют до конечной точки ( Мале)