Подскажите, наличие профиля в ЕЕ будет сильно мешать получению StudyPermit?

Это dual intent. Главное, что Вам нужно сделать - подготовить сильный кейс, из которого будет видно, что Вы не останетесь в Канаде нелегально. А иммиграционные намерения не запрещены.