На сайте WES требуется выбрать для какой цели. Получается, если указать, что делаешь для целей education, то потом эта эвалюация не будет годиться для Express Entry? Разве эвалюация не единая для всех случаев?

Разная эвалюация с разными результатами. Варвара ниже ответила, чем сама эвалюация отличается. А в результате специалистов course by course обычно оценивают как бакалавров , а document by document - как магистров.