Нужно что-то менять в application, если мы по федеральной программе ждали одобрения PR, а приехали в Торонто по CUAET? Может где-то нужно место жительства поменять иди медицину подгрузить?

Вам надо написать в Иммиграцию, что вы теперь резиденты Канады и чтобы вам поменяли адрес проживания. Когда кейс одобрят, вам не нужна будет уже виза для въезда в Канаду и вы пройдёте виртуальный лендинг, как и остальные заявители из Канады.