Подскажите, пожалуйста, были ли кейсы, когда кто-то летел транзитом через Афины с про-визой на Кипр? Нет ли проблем с пропуском на границе, интересно.

Прецеденты были, но не факт, что вам повезёт.

Это нелегально. Должны не посадить на рейс. Если это и прокатывало когда, то только по незнанию сотрудника конкретного на чекине. И то, до ковида.