Перелёт Тбилиси-Ларнака , пересадка в Афинах 1,5 часа, а/к Aegan. Для Кипра есть Пинк-слип. Летит гражданин РФ, нужен ли ему шенген для пересадки в Афинах? Либо транзитная виза?

С единым билетом Шенген неинужен.

если вы летите единым билетом одной авиакомпании( Тбилиси-Афины-ларнака), то будете находиться в транзитной зоне и вам шенген не нужен. Если разные авиакомпании, то вам придётся выйти из транзита и тогда шенген нужен.