Мы в РФ будем делать визу через визовый центр. Тогда нам не нужно делать ковид-штамп?

Нет … Если вы делаете TR, то это 60 дней по штампу + 30 дней при продлении.

Конечно не нужно:) визу вам дадут на 90 дней. 60 плюс 30. Ваших 40 дней она с лихвой покроет и без продления:)