Скажите пожалуйста, если лететь с Кипра до Вильнюса, а дальше до МСК или СПб как можно добраться? . Ходят автобусы?

Естественно.

Expressbus как вариант до Минска. И там поезд или самолёт дальше.

До Питера можно на автобусе, но он едет целый день.

Далее автобус или частник … зависит.