если мы поменяем фамилию в Израиле, то ничего если у нас в одном паспорте будет одно ФИО, а в другом - другое?

В МВД все документы привязаны к главе семьи. Так что для израильских документов проблем не будет. Говорю это по собственному опыту. У моего сына жена была такая ситуация. Поменяли все в МВД. Для них удобнее если у всей семьи одна фамилия. Для банка удобно, чтобы карточки на мужа и жену были одной фамилии.