Как российские пограничники меня выпустят обратно с фактически просроченной визой, если приехала конце сентября, виза у меня до декабря включительно, т.

Никак, надо новую визу получать.

INIS продлили возможность пребывания в стране, а не въезда-выезда.

А никак - продление касается права пребывания в стране, это решение Ирландии, и никак не влияет на остальные страны.