В Монголии от озера Хубсугул есть прямая дорога до Байкала (Кутлук), подскажите, там действует КПП, можно таким образом вернуться на территорию РФ, чтобы не возвращаться опять через Улан Батор и Улан Удэ?

Переход в п. Монды есть. Так же вам стоит уточнить на сайте таможни, возможно ли перейти пешком, иначе придется искать попутное авто или мото.

Уточните ещё режим его работы. есть сайт росгранстрой там раздел «пункты пропуска», вбиваете Монды и покажет часы работы.