Хотим поехать в ТА на день. Приложение предлагает дневной проездной Гуш-Дан +Хайфа за 39ш.

Нельзя, проверял.

При переезде между зонами, т. е. при оплате в поезде/автобусе проезднЫЕ не сработают и водитель ничего не сделает, ибо не может.

13 по Хайфе это только внутри города, а вам ещё между городами и поездом быстрее. Гуш дан +Хайфа хороший тариф.

При чём районы я тогда сверял по карте и с этим было всё впорядке.