Скажите пожалуйста, я же правильно понимаю, что Хорватия пока что не выходит в шенген, поэтому въехать туда по шенгенский визе можно, но пребывание там не засчитывается как дни, проведенные в шенгене?

Все так. Только учитывайте, что день пересечения границы (например, Словения-Хорватия) засчитается как день и в шенгене, и в Хорватии. Потому нельзя просто 90 тут, 90 там. Нужно будет денек где-то пересидеть