А если есть и рубли и баты на счету. То что снимут?

Там же в приложении можно приоритет ставить. Лучше в чатике поддержки банка спросить как это сделать.

Карта привязана к определенному счету. С того и снимут деньги.

Любая валюта меняется через доллар. Двойная конвертация. Когда ты покупаешь баты за рубли, банк вначале переведёт рубли в доллары, а потом за доллары продаст баты.