Сегодня прилетели из Питера в Занзибар - простояли 3 часа на паспортном контроле. Это скорее исключение или правило ?

Норма.

Мы примерно за полчаса прошли.

Зависит от того, когда прилетаешь. Если ваш рейс не первый и вы не первый протиснулись во все окошки, то реально по 3 часа стоять(

Скорее вам просто не повезло. Мы за полтора часа управились вплоть до обмена валюты.