Мы переехали в Швейцарию меньше месяца назад, муж работает в Гугле в Швейцарии, а у меня в России 2 айти компании, одна из которых зарегистрирована юридически как мое ИП.

Боюсь, надежнее всего нанять бухгалтера или юриста на консултацию.

Сначала нужно будет заплатить налоги как нерезидент в России. А потом еще задекларировать и доплатить в Швайце. Примерно так.

Точно... Граждане США и счастливые обладатель грин-карт находятся в примерно такой-же ситуации.

Со своей колокольни скажу, что лучше с налоговым советником проконсультироваться. В Швейцарии могут отличаться от немецкого законы, но логика должна быть похожая: ИП = Einzelunternehmer, это фирма, в которой один учредитель и нет наемных работников. Она с вашим переездом (или переездом вашего мужа) базируется и в Швейцарии тоже, так как вы там живёте и основные Betriebsstätte (база дислокации) именно там. Надо в швейцарском законе смотреть про Lebensmittelpunkt (центр жизненных интересов), так как он у супругов часто совместный и он является основой (в немецком праве по крайней мере) резидентва налогового. По сути, что это скорее всего означает: вы будете часть налогов платить в России, то что не уплатили там, доплатите в Швейцарии. Однако у вас большое преимущество: в Швейцарии налоги низкие. Меня именно поэтому одно время швейцария интересовала. Как это декларировать, как фирму или как просто доход со своей деятельности, проконсультируйтесь у специалиста.

Насколько я слышал, что местную налоговую интересуют любые доходы и счета в любых странах мира. А вот есть ли какие-то пактеы об отсутствии двойного налогообложения - я не знаю. И, боюсь, ситуация достаточно нетипичная чтобы лучше было идти к специалистам.

Налог на доход в Швейцарии оплачивается в Швейцарии, а налог на доход в России - в России. Указывать в налоговой декларации необходимо общий доход, т. к. это необходимо для определения Вашего дохода и экономической «силы» (wirtschaftliche Leistungsfähigkeit как ещёперевести?)