Если кто знает, у гражданина Молдовы заканчивается срок пребывания в России (90дней) 3 сентября. Может ли он остаться в России до 30 сентября по новым распоряжениям связанным с ковидом? Или это касается только резидентов визовых стран?

Новое распоряжение на вас не действует, т. к. РФ с 9 августа открыла прямые авиарейсы с Молдовой, т. е. граница открыта и вы можете свободно выехать и вьехать соблюдая закон.

Идёте в миграционный центр с старой регистрацией(в районный именно где и делали) с собственником который вам ее сделал и продлеваете ее до 30 сентября на основании ковида , я лично продевала.