Поступаю на магистерскую программу в Uni Wien, в u: space есть вкладка для загрузки школьного сертификата, он нужен для магистратуры? С апостилем?

Не нужен, только бакалаврский диплом. Вы можете написать своему координатору программы и уточнить, у меня тоже в личном кабинете был ненужный документ, просто потому что система так устроена; туда грузится просто что-нибудь.