Подскажите, ребёнка 9 лет (после 2-го класса школы РФ) направят в интеграционный класс в Германии или могут сразу в начальную школу в 3-й класс принять?

Скорее всего во 2й.

А ребенок уже владеет немецким? Обычно это решает школа. С ребенком побеседовать должны. И вопрос, будет ли при школе такой интеграционный класс.

С нулевым немецким вряд ли возьмут в 3 класс. И думайте не о том, что год теряете, а о том, чтобы ребёнок себя чувствовал комфортно в школе.