Кто знает, как быть в ситуации, что мне первую регистрацию нужно пройти физически (в течении 3 дней по приезду), но у меня будет карантин 5.

Забить на регистрацию. Она никого не интересует, наказаний особо не предусмотрено. Тем более есть уважительная причина.

Отправь им письмо с заполненным формуляром и доками на имейл и напиши, что сидишь в карантине, не можешь прийти.

Я первую регистрацию делал через месяц после приезда. Регистрировал ли меня владелец хаты на Airbnb - понятия не имею.

Да, у меня также было только неделю назад, направил им имейл с документами всеми, они сказали без термина в ближайший день прийти и показать им паспорт в живую.

Подожди, ты же студентка? Тут выше писали, что студентам сидеть не нужно. Для этого надо взять приглашение от универа и договор с общагой.