Лечу с Москвы через Армению в Канаду. Не совсем понимаю где какие паспорта показывать, потому что есть и РФ и Украины.

Не очень понимаю в чем проблема? Вы из аэропорта выходите? Скорее всего нет. Из России вы должны вылетать по тому же паспорту, по которому въезжали. Дальше на стойке покажете визу канадскую проставленную. Правило одно для всех стран: влетать и вылетать в одну страну по одному паспорту.

В Армению хотите по загран РФ или по гражданскому РФ?

Из РФ по РФ паспорту, в Армению из неё по Украинскому и дальше по украинскому.

На на стойке регистрации вам нужно предъявить тот паспорт по которому будете вылетать в Канаду (если у вас идёт сквозная регистрация , до конечного пункта), а на пограничном контроле нужно показать документ по какому вы въехали в страну ( то есть если вы в Россию въехали по русскому паспорту , то пограничникам вы показываете русский паспорт ), и дальше уже в Армении и везде показывать паспорт с которым едите в Канаду . Пограничный контроль и контроль регистрации это две разные позиции в аэропорту , которые не имеют друг к другу никакого отношения. По крайне мере так было и есть в Украине . Говорю вам не просто догадки , а как человек который работает на регистрации в аэропорту , и сталкивался с этим каждый день.