Если моя вакансия по контракту не напрямую связана со специальностью университета (увязку можно пояснить, но она напрямую не видна), как её прояснить при подаче заявления, чтобы увеличить шансы на рабочую визу?

Вы путаете рабочую визу и блукард. Для рабочей визы нужен контракт, диплом лишь подтверждает что вы квалифицированный для данной профессии как я понял из вашего случая.(то есть конечно, беспокоится стоит, если вы устраивает хирургом а диплом у вас водителя троллейбуса но это же не ваш случай) Для блукард система немного другая, но ее не а месте оформлять надо будет.

Если есть какая-то связь, напишите к пакету документов сопроводительное на немецком, попробуйте подогнать описание вакансии, попросив работодателя упомянуть в вакансии актуальность вашего образования и полученных там навыков. Тут уж кому как повезет, мне вот не повезло, но говорят, иногда при несоответствии диплома дают БКард при грамотном обосновании.