есть ли случаи среди обладателей российского паспорта, кому отказали в продлении вида на жительство?

Разумеется, каким-то обладателям российских паспортов отказывали и будут отказывать в выдаче и продлении паспортов, по разным на то причинам.

Если есть нормальная работа и сертификат языковой, вряд ли будут проблемы.

Главное, документы нужные хорошо подготовьте, не думаю, что будут проблемы при нормальной пачке документов.