я могу с Кипра полететь в Вену по шенгену (мульти С)?

По идее - да (ВНЖ ЕС + Шенген), но советовал бы обратиться с вопросом к австрийцам (если правильно помню, их визовыми делами на Кипре ведает немецкое посольство). У них бывают странноватые подходы к понятным, вроде бы, вопросам. Я уже как-то писал, что нам с несовершеннолетними детьми (у меня и жены уже были паспорта ЕС на тот момент, а у детей - еще нет) не разрешили въезд - сказали, детям нужен Шенген. Хотя это против правил. Так что лучше перестраховаться.